直肠癌淋巴结转移的深度神经网络评判研究进展

正目前,临床上对于直肠癌常用的影像评估方法有MRI、螺旋CT、PET-CT、直肠腔内超声(ERUS)等。而MRI作为首选检查方式,对肿瘤位置、浸润深度、淋巴结转移、血管侵犯、环周切缘及周围器官侵犯等方面的评估均具有明显优势~([1-2])。通过MRI诊断淋巴结的方法通常是影像科医师逐层浏览每一幅图像,从中识别淋巴结的形状、界限及密度来判断,这种传统方式耗时较长且存在主观偏倚,导致     

小细胞肺癌关键基因及信号通路分析

目的 探究SCLC基因调控机制，为寻找SCLC早期诊断及靶向治疗潜在的生物标志物提供依据。方法 采用生物信息学方法从公共基因芯片数据库获取小细胞肺癌（SCLC）mRNA数据并筛选出差异表达基因（DEGs），对DEGs进行基因本体（GO）和基因组百科全书数据库（KEGG）富集分析，构建蛋白互作网络，筛选出核心基因并利用Kaplan-Meier在线工具进行生存分析。结果 17例SCLC组织样本和19例正常肺组织样本中筛选出248个DEGs，包括172个高表达基因和76个低表达基因（P<0.05）。GO和KEGG富集分析结果显示，DEGs的功能主要涉及细胞周期、DNA复制、错配修复、P53信号通路等，蛋白互作分析网络筛选出6个节点度最高的核心基因：TOP2A、PCNA、RFC4、 FEN1、CCNA2和MCM2，并与患者预后相关。结论 DEGs涉及的分子功能和信号通路可能是SCLC发生的分子机制，而核心基因可能是治疗SCLC的潜在靶点。     

A mid-term estimate of 2018/2019 vaccine effectiveness to prevent laboratory confirmed A(H1N1)pdm09 and A(H3N2) influenza cases in Sicily (Italy)

Influenza season started in Italy during the month of October 2018, approaching the epidemic peak in January 2019. This report aim to explore the mid-term virologic surveillance data of the 2018–2019 influenza season in Sicily and to estimate the effectiveness of seasonal influenza vaccine (VE) against A(H1N1)pdm09 and A(H3N2) influenza viruses. A test-negative design was used to evaluate influenza VE.In Sicily, almost all influenza infections were sustained by influenza type A viruses, of which 62.3% were A(H3N2) and 36.3% A(H1N1)pdm09. A reduction of laboratory confirmed influenza cases in Sicilian population immunized against influenza were observed. In particular, an overall significant protective values were observed for any influenza A viruses (Adj-VE = 44.0%; 95%CI: 11.2–64.7%), especially among 15–64 years old age group (Adj-VE = 59.5%; 95%CI: 0.03–83.1) and among the elderly (Adj-VE = 73.6%; 95% CI: 29.4–90.2).     

基于网络药理学的济脉通片降压机制研究

目的 采用网络药理学阐明济脉通片多成分-多靶点-多途径的作用理念，为进一步研究济脉通片降压药效物质基础和机制提供一定理论参考。方法 通过TCMSP数据库，结合口服利用度（≥ 30%）和类药性分析（≥ 0.18）参数，筛选济脉通片的活性成分；通过Drugbank和TCMSP数据库进行靶点预测分析；通过GENCARD数据库筛选出高血压疾病相关基因；结合DAVID和KEGG数据库进行GO分析和通路分析；使用Cystoscope软件构建"化合物-靶点-作用通路"网络图。结果 经筛选后得到济脉通片的33个化合物，148个潜在靶基因并映射到了223条信号通路，其中31条信号通路与高血压的发生发展密切相关，其中AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications、PI3K-Akt signaling pathway、TNFsignaling pathway、Adrenergic signaling in cardiomyocytes和Focal adhesion为重要的通路枢纽。结论 济脉通片主要通过多成分、多靶点、多通路调节血管内皮功能、炎症反应、钙钠离子转运、糖脂代谢等参与血管舒张、改善炎症、调节机体代谢、调节离子转运等而产生降压作用。     

Replicative senescence of human dermal fibroblasts affects structural and functional aspects of the Golgi apparatus

It is well recognized that the world population is ageing rapidly. Therefore, it is important to understand ageing processes at the cellular and molecular levels to predict the onset of age‐related diseases and prevent them. Recent research has focused on the identification of ageing biomarkers, including those associated with the properties of the Golgi apparatus. In this context, Golgi‐mediated glycosylation of proteins has been well characterized. Additionally, other studies show that the secretion of many compounds, including pro‐inflammatory cytokines and extracellular matrix–degrading enzymes, is modified during ageing, resulting in physical and functional skin degradation. Since the Golgi apparatus is a central organelle of the secretory pathway, we investigated its structural organization in senescent primary human dermal fibroblasts using confocal and electron microscopy. In addition, we monitored the expression of Golgi‐related genes in the same cells. Our data showed a marked alteration in the Golgi morphology during replicative senescence. In contrast to its small and compact structure in non‐senescent cells, the Golgi apparatus exhibited a large and expanded morphology in senescent fibroblasts. Our data also demonstrated that the expression of many genes related to Golgi structural integrity and function was significantly modified in senescent cells, suggesting a relationship between Golgi apparatus function and ageing.     

基于网络药理学挖掘溃疡性结肠炎“扶正”治则的潜在机制

目的:通过数据库检索与网络药理学方法探讨溃疡性结肠炎"扶正"治则的潜在机制。方法:从中医E百数据库检索溃疡性结肠炎相关方剂,检索方式为"主治肠澼/久痢/痢疾",筛选所检索到的处方并进行药物种类、用药频次统计分析,选择溃疡性结肠炎治疗的常用扶正药物。将选择后的扶正药物输入中药系统药理学分析平台检索所有化学成分和作用靶点,构建化合物-靶点相互作用网络图;通过Digsee数据库筛选溃疡性结肠炎相关靶点,构建疾病-靶点相互作用网络图;筛选两个网络图的核心靶点,利用DAVID工具对核心靶点进行富集分析。结果:数据库共检索到溃疡性结肠炎相关方剂731首,根据纳入、排除标准筛选后获得处方304首,中药220味,经用药频次统计后,以甘草、人参、白术为溃疡性结肠炎扶正治则的代表药物。基于药代动力学ADME参数对上述药物的化学成分进行筛选和靶标预测,共得到136个蛋白靶点;将化合物-靶点、疾病-靶点的蛋白质—蛋白质相互作用网络图合并,以"节点连接度""节点介度"和"节点紧密度"为评价标准,筛选共有靶点129个;对入选靶标进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,以P值筛选出前20条通路在溃疡性结肠炎方面具有作用。结论:扶正药物治疗溃疡性结肠炎作用的发挥是多靶点、多通路的整体效应,挖掘了溃疡性结肠炎扶正治则的潜在机制,为进一步实验研究提供了理论基础。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨生脉注射液抗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的采用网络药理学与分子对接技术探讨生脉注射液的活性成分和治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在作用机制。方法利用TCMSP及BATMAN-TCM数据库筛选生脉注射液的活性化合物,通过TCMSP及Targetnet在线数据库预测作用靶点,通过Cytoscape3.7.1构建活性成分-作用靶点网络图;在GeneCards及OMIM数据库中以"coronavirus pneumonia"为关键词搜索冠状病毒肺炎相关疾病靶点,与生脉注射液化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点,将共同靶点导入STRING数据库获取数据后在Cytoscape 3.7.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用R语言进行GO(gene ontology)功能、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析,预测其作用机制,并构建"成分-靶点-通路"网络图;通过DiscoveryStudio 2.5软件对关键靶点进行分子对接分析。结果生脉注射液筛选得到22个活性化合物,分别为邻苯二甲酸二辛酯、β-谷甾醇、当归酰基戈米辛O、戈米辛A、戈米辛R、五味子丙素、内南五味子酯乙、长南酸、南五味子内酯、香蒲木脂素B、新杜松烷酸A、新杜松烷酸B、新杜松烷酸C、新南五味子木脂宁、五味子内酯A、五味子内酯E、五味子酸、尿苷、薯蓣皂苷元、鸟嘌呤核苷、N-反式阿魏酰酪胺、豆甾醇。相应作用靶点224个,与COVID-19的共同靶点16个,分别为CASP3、CASP8、PTGS2、BCL2、BAX、PRKCA、PTGS1、PIK3CG、F10、NOS3、DPP4、NOS2、TLR9、ACE、ICAM1、PRKCE,关键靶点涉及CASP3、PTGS2、NOS2、NOS3、ICAM1。GO功能富集分析得到生物过程(BP)条目771个,细胞组成(CC)条目11个,分子功能(MF)条目79个。KEGG通路富集分析筛选得到67条(P0.05)信号通路,主要涉及糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、凋亡通路、P53信号通路、小细胞肺癌通路等。分子对接结果显示与关键靶点对接较好的成分有五味子内酯E、豆甾醇、N-反式阿魏酰酪胺。结论生脉注射液中的活性化合物五味子内酯E、豆甾醇、N-反式阿魏酰酪胺等能作用于CASP3、PTGS2、NOS2、NOS3等靶点调节多条信号通路发挥抗炎、免疫调节、抗休克、增加血氧饱和度等作用,从而可能发挥对COVID-19的治疗作用。     

普萘洛尔联合其他治疗措施治疗婴幼儿血管瘤有效率的网状Meta分析

目的:采用网状Meta分析方法,将普萘洛尔联合其他治疗与各对照治疗措施进行对比。方法:以“普萘洛尔”,“血管瘤”为关键词检索CNKI、VIP、万方数据;以“propranolol”“hemangioma”为关键词检索Cochrane Library、Embase、pubmed。检索期限为建库至2019年6月1日。采用STATA14.0软件Network程序包进行数据分析。结果:共纳入18篇文献,涉及8项治疗措施,共纳入1469例血管瘤患者。网状Meta分析结果显示:4种联合治疗方式与单纯口服普萘洛尔相比疗效均优于单纯口服普萘洛尔治疗。普萘洛尔联合注射平阳霉素、普萘洛尔联合外用噻吗洛尔、普萘洛尔联合敷贴器的有效率均优于对应的注射平阳霉素、外用噻吗洛尔及敷贴器。各治疗措施的有效性排序为:普萘洛尔联合敷贴器>普萘洛尔联合外用噻吗洛尔>普萘洛尔联合口服糖皮质激素>普萘洛尔联合注射平阳霉素>敷贴器照射>外用噻吗洛尔>口服普萘洛尔>注射平阳霉素。结论:对于婴幼儿血管瘤的治疗,普萘洛尔联合治疗措施疗效均优于单纯的口服普萘洛尔治疗,其中普萘洛尔联合敷贴器的疗效最佳。